KTM 390 ENDURO R, sürücüsüne farklı yol koşullarına uygun sürüş modları sunar. Standart olarak STREET Mode ile gelirken, sınırları zorlamak isteyenler için ayrıca SPORT Mode seçeneği de bulunur. Tüm sürüş modları ve ABS ayarları, gelişmiş TFT ekran üzerinden kolayca kontrol edilebilir.